La struttura in cemento armato è dotata al proprio interno di due scompartimenti. La struttura per legge deve essere posizionata a determinate distanze dalla fonte di acqua da depurare, da eventuali falde acquifere e altre abitazioni; queste distanze vengono calcolate in base alla grandezza dell'impianto, alla conformazione del territorio e ad un'altra serie di fattori ambientali.
Lo scompartimento superiore della fossa serve all'accumulo dei fanghi derivati dalla sedimentazione, mentre la parte inferiore serve alla digestione dei fanghi grazie alla flora batterica.
In questo modo l'acqua viene depurata dai fanghi, e i materiali considerati inquinanti, vengono accumulati nella parte inferiore della fossa che poi saranno asportati mediante apposite attrezzature.
Oltre alla funzione della fossa in se per se, è possibile anche associarvi l'azione di un filtro percolatore che senza l'utilizzo di energia permette una ulteriore e più capillare pulizia dell'acqua di scarico, mediante l'utilizzo di una ulteriore flora batterica.
